1. Bệnh thán thư do nấm Colletotrichum sp.: Thường phát sinh gây hại trong điều kiện thời tiết nóng ẩm, bệnh gây các bộ phân cây sen như lá, bông, hạt. Nấm bệnh gây hại trên lá và bông khi còn dưới mặt nước nên khi nhô ra khỏi mặt nước bệnh đã làm thối lá hoặc bông. Phun phòng trừ bệnh khi mới xuất hiện bằng những loại thuốc đặc trị như: Vimonyl 72WP, MapHero 340WP,…

2. Bệnh thối thân do nấm Phythophthora sp.: Bệnh gây hại làm đỉnh sinh trưởng và thân bị thối đen, lây lan rất nhanh trong hồ, ruộng sen. Triệu chứng ban đầu là lá bị vàng úa cả lá, sau đó khô đi rất nhanh. Mô bệnh bị thối đen, bầy nhầy có mùi thối ngay cả rễ vẫn phát triển tốt. Vệ sinh thu gom, nhổ cây sen bị bệnh đem đốt, hạ mực nước và bón sulphat đồng (0,25-0,3g/m³). Nếu bệnh vẫn tiếp tục lây lan phải khử trùng cả hồ bằng sodium hypochloride (nước Javen), nồng độ 10-12% .

3. Bệnh thối rễ, củ do nấm Fusarium sp. và Pythium sp.:. Cả 2 loại nấm này đều tồn tại rất lâu trong đất. Bệnh thường phát sinh gây hại khi nhiệt độ cao, ít mưa. Phun trừ bệnh mới chớm xuất hiện bằng các loại thuốc như Ridomil Gold 68 WP, Antracol 700WP, Score 250ND, Aliette 80WP,... Nếu ruộng bị bệnh gây hại nặng thì năm sau phải luân canh, chọn loại cây trồng khác để trồng cắt đứt nguồn bệnh.

Lưu ý: Khi hồ, ruộng sen đang nhiễm bệnh ngừng bón các loại phân, chất kích thích sinh trưởng, tháo cạn nước trong hồ và tiến hành phun trừ bệnh. Khi phun thuốc phòng trừ bệnh kết hợp với dầu khoáng SK 98EC hoặc chất bám dính để tăng khả năng bám dính của thuốc và loang đều trên thân, lá, nhằm tăng hiệu lực của thuốc. Sau phun 3 ngày tiến hành kiểm tra ruộng sen, nếu thấy bệnh ngừng phát triển thì cho nước vào ruộng trở lại và chăm sóc để cây sen phục hồi phát triển. Nếu bệnh có xu hướng phát triển phun lại lần 2 để khống chế bệnh, tăng cường bón thêm phân kaliclorua để cây hồi phục và phát triển.