Khoa Y học cổ truyền tại Trung tâm Y tế thị xã được thành lập lồng ghép vào năm 2003 với tên gọi là khoa Nội - Lây - Đông y, năm 2008 đã tách riêng khoa Y học cổ truyền và đến nay với tên gọi khoa Y học cổ truyền - Phục hồi chức năng, hiện nay khoa có 10 cán bộ, trong đó có 6 bác sĩ, 02 y bác sĩ y học cổ truyền, đang đào tạo 01 bác sĩ CKI y học cổ truyền với các trang thiết bị phục vụ cho khám chữa bệnh y học cổ truyền như: máy điện châm, máy sắc thuốc, máy siêu âm. 9/9 Trạm y tế xã, phường có y, bác sĩ y học cổ truyền; các Trạm y tế đã duy trì trồng, chăm sóc vườn thuốc nam, trong đó tối thiểu là 40 cây thuốc nam theo quy định của Bộ Y tế với khoảng 500m2. Các phường, xã đã trồng 29,33 ha cây dược liệu, trong đó 25,33ha cây tràm gió, 01 ha cây đinh lăng, 03 ha sâm bố chính; ngoài ra công ty ECO-SEED trồng 01ha ươm cây giống dược liệu tại phường Hương Văn.

Sau 15 năm triển khai thực hiện Chỉ thị số 24-CT/TW, ngày 04/7/2008 của Ban Bí thư Trung ương Đảng (khóa X) “về phát triển nền Đông y Việt Nam và Hội Đông y Việt Nam trong tình hình mới”, các cấp ủy đảng thường xuyên tuyên truyền, quán triệt phổ biến các đường lối, chủ trương chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước, nhờ vậy nhận thức của cán bộ, đảng viên và Nhân dân về vị trí, vai trò quan trọng của việc phát triển nền Đông y Việt Nam, việc kết hợp Đông - Tây y trong công tác bảo vệ, chăm sóc sức khỏe Nhân dân được nâng lên, chú trọng trong công tác xây dựng tổ chức Hội Đông y, phát huy các bài thuốc quý, bảo tồn, lưu giữ và phát triển Đông y trong khám, chữa bệnh. Hội Đông y thị xã thường xuyên phối hợp với Trung tâm Y tế thị xã và các cơ quan có liên quan làm tốt công tác phòng chống dịch bệnh, giữ gìn vệ sinh, an toàn thực phẩm và tuyên truyền, phổ biến cho Nhân dân trên địa bàn thị xã biết và sử dụng một số cây thuốc, bài thuốc quý, phương pháp chữa bệnh thường gặp tại cộng đồng dân cư; qua đó, góp phần giữ gìn và phát huy nguồn dược liệu quý, những bài thuốc cổ truyền, phương pháp chữa bệnh hay bằng Đông y, nâng cao chất lượng và hiệu quả khám, chữa bệnh cho Nhân dân. Với phương châm kết hợp hài hòa giữa y học cổ truyền dân tộc với y học hiện đại trong việc khám và điều trị bệnh, trong thời qua, Hội Đông y thị xã, khoa Y học cổ truyền - Phục hồi chức năng tại Trung tâm Y tế thị xã hoạt động khá hiệu quả, số bệnh nhân đến khám và điều trị bằng Đông y hàng năm tăng, số gường bệnh điều trị tăng dần qua các năm, tỷ lệ khám và điều trị nội trú y học cổ truyền là 9,71%; tỷ lệ khám và điều trị ngoại trú là 0,91%, tỷ lệ khám chữa bệnh kết hợp giữa y học cổ truyền và y học hiện đại ở tuyến xã, phường đạt 25%. Nhiều năm qua, Hội Đông y thị xã đã phối hợp với Hội Đông y tỉnh tổ chức khám chữa bệnh miễn phí cho người dân trên địa bàn thị xã, ngoài ra nhiều hội viên cũng đã quyên góp ủng hộ nhân lực, vật lực cùng Tỉnh hội làm công tác từ thiện.

Bên cạnh những kết quả đạt được, việc thực hiện Chỉ thị số 24 trên địa bàn thị xã còn một số hạn chế như: Một số địa phương chưa quan tâm đúng mức việc triển khai quán triệt và thực hiện Chỉ thị 24; công tác tuyên truyền, giáo dục nâng cao nhận thức về xây dựng, phát triển y học cổ truyền trong cán bộ, Nhân dân chưa thật sự sâu rộng; chất lượng hoạt động của Hội Đông y thị xã chưa đáp ứng yêu cầu; công tác tuyên truyền sử dụng cây thuốc nam chưa thường xuyên. Công tác nghiên cứu khoa học, ứng dụng và kế thừa nền y học cổ truyền của dân tộc vẫn còn nhiều hạn chế; đặc biệt là công tác sưu tầm, nghiên cứu ứng dụng những bài thuốc của các Danh y, Ngự y triều Nguyễn để áp dụng trong khám chữa bệnh cho Nhân dân. Công tác xã hội hóa về y học cổ truyền  chưa cao, mạng lưới y dược cổ truyền tư nhân chưa mạnh, phòng khám chưa quy mô để đáp ứng nhu cầu khám chữa bệnh về y học cổ truyền ngày càng cao của Nhân dân. Số lượng hội viên ở các xã, phường còn ít (mỗi xã, phường chỉ có 1 - 2 hội viên); nhiều hội viên kiêm nhiệm nên hoạt động chưa hiệu quả.

Xác định phát triển nền đông y Việt Nam vì mục tiêu bảo vệ, chăm sóc sức khỏe của Nhân dân, góp phần cải thiện và nâng cao chất lượng nguồn nhân lực là trách nhiệm của các cấp ủy Đảng, chính quyền và toàn xã hội, để phát huy kết quả đạt được và khắc phục những hạn chế trong công tác phát triển nền đông y và hội đông y trong tình hình mới, Ban Thường vụ Thị ủy đề ra phương hướng, nhiệm vụ, giải pháp phát triển Đông y trong thời gian tới đó là:          Kiện toàn và củng cố Hội Đông y thị xã đủ về số lượng, mạnh về chất lượng, duy trì hoạt động, phối hợp với Hội Đông y tỉnh triển khai có hiệu quả hoạt động Đông y trên địa bàn thị xã. Phát triển khoa Y học cổ truyền - Phục hồi chức năng thuộc Trung tâm y tế thị xã đảm bảo đến năm 2030 với quy mô 25 giường bệnh. Phấn đấu 100% trạm Y tế xã, phường đều triển khai khám chữa bệnh y học cổ truyền. Ưu tiên tập huấn, đào tạo chuyên sâu cho khoa Y học cổ truyền - Phục hồi chức năng, phấn đấu đào tạo thêm 1 - 2 bác sĩ chuyên ngành phục hồi chức năng. Hàng năm, tổ chức lớp bồi dưỡng chuyên môn cho đội ngũ y sỹ, điều dưỡng làm công tác y học cổ truyền. Triển khai mở rộng các hình thức khám chữa bệnh y học cổ truyền như ngoại trú, khám cấp thuốc y học cổ truyền, phục hồi chức năng cho người khuyết tật tại Trung tâm y tế thị xã, tại Trạm y tế các xã, phường và phục hồi chức năng dựa vào cộng đồng. Đa dạng hóa các loại thuốc thành phẩm y học cổ truyền  phù hợp với mô hình bệnh tật, ưu tiên sử dụng các thuốc thành phẩm y học cổ truyền  ở tất cả các khoa, các bộ phận khám chữa bệnh để nâng dần chỉ tiêu sử dụng thuốc y học cổ truyền trên toàn địa bàn thị xã. Ưu tiên sử dụng thuốc thành phẩm đông dược tại các Trạm y tế xã, phường; nâng dần tỷ lệ sử dụng thuốc đông dược lên tương ứng 35%.