Theo đó, Quy trình hoàn thuế quy định thống nhất về nội dung công việc, trình tự thực hiện, thời hạn thực hiện, cách thức thực hiện và phân công thực hiện đối với công chức thuế, bộ phận chức năng quản lý thuế thuộc cơ quan thuế các cấp trong việc tiếp nhận và giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế theo quy định của pháp luật thuế, Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Quy trình hoàn thuế được áp dụng đối với cơ quan Tổng cục Thuế, Cục Thuế, Cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế, Chi cục Thuế khu vực.

Quy trình hoàn thuế bao gồm các nội dung sau:

1. Tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo quy định tại Điều 32, Điều 43 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật quản lý thuế và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2022 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế (sau đây gọi tắt là Thông tư số 80/2021/TT-BTC) đối với các trường hợp:

a) Hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế:

- Hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Điều 28 Thông tư số 80/2021/TT-BTC(trừ điểm g khoản 2 Điều 28 Thông tư số 80/2021/TT- BTC).

- Hồ sơ đề nghị hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt đối với xăng sinh học theo quy định tại Điều 29 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

- Hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần và Điều ước quốc tế khác quy định tại Điều 30 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

b) Thanh toán, hoàn trả tiền thuế đã ứng trước, tiền phí dịch vụ hoàn thuế giá trị gia tăng cho ngân hàng thương mại: Hồ sơ đề nghị hoàn theo quy định tại điểm g khoản 2 Điều 28 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

c) Hoàn thuế đối với các trường hợp chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động:

- Hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết quy định tại Điều 3 1 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

- Hồ sơ hoàn nộp thừa quy định tại khoản 3 Điều 42 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

d) Hoàn thuế thu nhập cá nhân đối với cá nhân trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế: Hồ sơ hoàn thuế đối với trường hợp cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 42 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

đ) Hoàn nộp thừa khác:

- Hồ sơ hoàn nộp thừa các loại thuế và các khoản thu khác quy định tại khoản 2 Điều 42 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

- Hồ sơ hoàn thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ tiền lương tiền công của tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập từ tiền lương tiền công thực hiện quyết toán thuế cho các cá nhân có ủy quyền quy định tại điểm a khoản 1 Điều 42 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

2. Phân loại hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Điều 33, Điều 44 Thông tư số 80/2021/TT-BTC:

a) Phân loại hồ sơ hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế.

b) Phân loại hồ sơ thanh toán, hoàn trả tiền thuế đã ứng trước, tiền phí dịch vụ hoàn thuế giá trị gia tăng cho ngân hàng thương mại.

c) Phân loại hồ sơ hoàn thuế đối với các trường hợp chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động.

d) Phân loại hồ sơ hoàn thuế thu nhập cá nhân đối với cá nhân trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế.

đ) Phân loại hồ sơ hoàn nộp thừa khác.

3. Giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Điều 34, Điều 45 Thông tư số 80/2021/TT-BTC:

a) Giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước.

b) Giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.

4. Thẩm định hồ sơ hoàn thuế: Thẩm định đối với hồ sơ thuộc diện phải thẩm định theo quy định tại Quy chế cấp ý kiến pháp lý dự thảo đề nghị xây dựng văn bản quy phạm pháp luật, dự thảo văn bản quy phạm pháp luật và thẩm định dự thảo văn bản hành chính do cơ quan thuế các cấp ban hành kèm theo Quyết định số 1033/QĐ-TCT ngày 01/06/2018 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế và các văn bản thay thế, sửa đổi, bổ sung (nếu có).

5. Quyết định hoàn thuế:

a) Ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, Thông báo về việc không được hoàn thuế (theo quy định tại Điều 36, Điều 46 Thông tư số 80/2021/TT-BTC).

b) Ban hành Quyết định thanh toán cho ngân hàng là đại lý hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Điều 36 Thông tư số 80/2021/TT-BTC, Điều 21 Thông tư số 72/2014/TT-BTC ngày 30/5/2014 của Bộ Tài chính được sửa đổi, bổ sung tại khoản 15 Điều 1 Thông tư số 92/2019/TT-BTC ngày 31/12/2019 của Bộ Tài chính đối với hoàn thuế cho ngân hàng là đại lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

6. Ban hành lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước theo quy định về thực hiện chế độ kế toán ngân sách nhà nước và hoạt động nghiệp vụ Kho bạc Nhà nước.

7. Thu hồi hoàn thuế theo quy định tại Điều 40, Điều 50 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.

Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký.

Quyết định này thay thế Quyết định số 905/QĐ-TCT ngày 01/7/2011 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế về việc ban hành Quy trình hoàn thuế và các văn bản sửa đổi, bổ sung.