Trường THCS Hương Xuân, huyện Hương Trà, tỉnh Thừa Thiên Huế nay là trường THCS Nguyễn Khánh Toàn được thành lập ngày 09/09/2002 theo quyết định số 433/QĐ-UB của UBND huyện Hương Trà. Trước ngày trường THCS Hương Xuân được tái thành lập, học sinh THCS của địa phương Hương Xuân được học tại trường THCS Hương Văn và đến năm 2000, học sinh ở vùng Tây Xuân học tại trường THCS Hương Chữ. Đến ngày 16/9/2002 là buổi chào cờ đầu tiên của trường THCS Hương Xuân và đánh dấu sự hiện diện của học sinh THCS Hương Xuân trên đường QL1A với cơ sở vật chất là 13 phòng học trong đó có 10 phòng kiên cố của Dự án Na Uy được trường Tiểu học số 2 Hương Xuân bàn giao cho trường THCS Hương Xuân theo quyết định của UBND huyện Hương Trà. Số lượng học sinh là 596 của 4 khối 6, 7, 8, 9 và được phân vào 14 lớp với đội ngũ cán bộ giáo viên, nhân viên là 26 người trong đó có Ban Giám hiệu, 02 nhân viên và 23 giáo viên. Từ những khó khăn ban đầu về nhiều mặt, nhà trường đã có nhiều cố gắng để thực hiện nhiệm vụ giáo dục toàn diện cho học sinh. Vào ngày 04/9/2009 trường THCS Hương Xuân được đổi tên thành trường THCS Nguyễn Khánh Toàn. Sau 13  năm trường được tái thành lập và sau hơn 6 năm trường được vinh dự mang tên cố Giáo sư Viện sĩ Nguyễn Khánh Toàn, Trường vẫn duy trì và phát huy các thành tích trong các hoạt động giáo dục của nhà trường và kết quả năm sau cao hơn năm trước.

Cuối năm học 2010- 2011 Trường được đoàn kiểm tra liên ngành công nhận là Trường đạt chuẩn quốc gia và ngày 04-9-2011 trong không khí trang nghiêm của ngày khai giảng năm học mới năm học 2011-2012 Trường THCS Nguyễn Khánh Toàn được vinh dự đón nhận bằng công nhận trường đạt chuẩn Quốc gia. Nếu như những ngày mới thành lập, trường chỉ có 26 cán bộ, giáo viên, nhân viên thì đến nay, con số đó đã tăng lên 43 cán bộ, giáo viên, nhân viên. Hầu hết, đội ngũ thầy, cô giáo nhà trường tốt nghiệp đại học. Với đội ngũ giáo viên trẻ, giỏi về chuyên môn, nghiệp vụ lại yêu nghề, gắn bó với trường lớp nên chất lượng dạy và học không ngừng nâng lên. Hằng năm, tỉ lệ học sinh của trường tốt nghiệp THCS từ  98% - 100% ngang bằng và trên chỉ tiêu bình quân của các trường THCS trên địa bàn thị xã.

Để nâng cao chất lượng giáo dục toàn diện, chất lượng mũi nhọn, thầy Trần Thành cho biết định hướng chuyên môn của trường trong những năm đến: “Chúng tôi thường xuyên chỉ đạo, động viên cán bộ, giáo viên trong trường tăng cường đổi mới phương pháp dạy và học, nhất là ứng dụng công nghệ thông tin để phát huy tính tích cực, năng động của học sinh. Bên cạnh đó, nhà trường tiếp tục triển khai thực hiện Đề án nâng cao chất lượng công tác bồi dưỡng học sinh giỏi, học sinh năng khiếu phổ thông, xây dựng trường trọng điểm chất lượng cao của thị xã, giai đoạn 2014-2019. Theo đó, đội ngũ cán bộ công chức không ngừng được củng cố, nâng cao chất lượng về đạo đức chính trị và chuyên môn nghiệp vụ để các thầy cô phát huy hết sở trường của bản thân. Đồng thời rà soát, tuyển chọn học sinh có năng khiếu, năng lực để tổ chức bồi dưỡng, đào tạo học sinh giỏi. Các cô Hoàng Thị Lệ Thủy, Trịnh Thị Liên và các thầy giáo Hoàng Vạn Quốc Hưng, Hồ Văn Anh Tuấn  là những “hạt nhân” trong phong trào thi đua “dạy tốt, học tốt” của trường và từng đạt các giải cao trong các hội thi giáo viên dạy giỏi các cấp. Em Nguyễn Đình Long, Phan Thị Mỹ Linh là những “gương mặt” dẫn đầu trong học tập, đạt thành tích cao trong các kỳ thi cấp Quốc gia.

Vinh dự và tự hào hơn, sau 13 năm trường đã đào tạo, dẫn dắt hơn 2000 học sinh tốt nghiệp ra trường. Tập thể cán bộ, giáo viên, nhân viên và học sinh Trường THCS Nguyễn Khánh Toàn hôm nay sẽ phát huy sức mạnh, trí tuệ của nhiều thế hệ thầy cô giáo và học sinh giữ vững danh hiệu trường đạt chuẩn Quốc gia trở thành địa chỉ tin cậy của Nhân dân trong vùng, trở thành điểm sáng về dạy và học của toàn thị xã.