Tuy nhiên, trong thực tế mặc dù đã thực hiện công tác phòng tốt song với nhiều nguyên nhân bệnh vẫn có thể xảy ra cần phải tiến hành điều trị. Nếu thực hiện tốt việc điều trị thì khả năng bệnh vẫn khỏi không ảnh hưởng nhiều đến hiệu quả chăn nuôi và không làm kế phát các bệnh khác. Vậy điều trị như thế nào để mang lại hiệu quả sẽ phụ thuộc vào phương pháp điều trị và việc thực hiện các biện pháp kỹ thuật theo nguyên tắc, trình tự có cơ sở khoa học. Sau đây là một số lưu ý rất cơ bản khuyến cáo với người chăn nuôi áp dụng.

* Vệ sinh, hộ lý, chăm sóc khi phát hiện con vật mắc bệnh.

Có thể nói khâu này có vai trò hết sức quan trọng luôn được đặt lên hàng đầu vì đây là bước tạo điều kiện tốt nhất  cho con vật tăng sức đề kháng, chống đỡ với bệnh, hạn chế lây lan, mặt khác nếu làm tốt khâu này sẽ tiêu diệt hoặc hạn chế được mầm bệnh ở môi trường. Các biện pháp cụ thể đó là áp dụng ngay việc cách ly con vật ốm, nghĩa là khi phát hiện con vật ốm thì tạo mọi điều kiện để con vật khoẻ không tiếp súc với con vật ốm, như vậy sẽ tránh lây lan đến mức tối đa. Sau đó khẩn trương áp dụng việc dọn vệ sinh, trong đó có cả việc vệ sinh cơ gới (quét dọn) và vệ sinh bằng hoá chất, thuốc sát trùng (tiêu độc vật lý, tiêu độc sinh học, dùng các loại hóa chất tiêu độc như thuốc sát trùng, thuốc khử mùi để trực tiếp phun, rắc tại khu vực chuồng nuôi). Tốt nhất là tiêu độc hoá học mỗi ngày một lần, phun thuốc sát trùng trong khu vực chuồng nuôi đến khi khỏi bệnh. Diện tích phun phòng cần rộng để hạn chế tối đa mầm bệnh phát tán cũng như mầm bệnh từ ngoài xâm nhập vào. Hiện nay nhiều loại thuốc sát trùng phun phòng rất có hiệu quả, có tác dụng tốt và cho phép phun cả khi trong chuồng nuôi đang có gia súc gia cầm như Vikol, Biocid, Iodin …

Đồng thời với vệ sinh tiêu độc là chăm sóc, đảm bảo chuồng trại ấm áp về mùa đông, mát về mùa hè để con vật nhanh hồi phục, thải trừ mầm bệnh. Cần chú ý nuôi dưỡng phù hơp với tính chất của bệnh, và sinh lý của con vật. Như việc chăm sóc nuôi dưỡng lợn bị bệnh về hô hấp, viêm phổi khác lợn bị các bệnh về tiêu hóa, tiêu chảy. Đối với lợn bị bệnh về đường hô hấp thì việc chăm sóc nuôi dưỡng cần chú ý đến điều kiện môi trường, còn việc chăm sóc lợn bị mắc các bệnh về đường tiêu hóa thì chú ý ngay đến thức ăn hoặc nguồn nước uống v.v...

* Dùng thuốc kháng sinh điều trị cho gia súc, gia cầm.

Đây là khâu sử dụng thuốc nhằm tiêu diệt (loại trừ) nguyên nhân gây bệnh trong cơ thể con vật, bước này rất quan trọng đối với các trường hợp con vật mắc các bệnh cấp tính, nếu không áp dụng kịp thời bước này, con vật sẽ chết.

Về nguyên tắc dùng kháng sinh bao giờ cũng phải kiểm tra nhiệt độ của gia súc, gia cầm, nếu thấy con vật sốt có các triệu chứng điển hình về các bệnh do nhiễm khuẩn gây nên mới dùng kháng sinh và phải dùng liều cao ngay từ đầu (liều tấn công) sau đó giảm dần. Trên thực tế đã có không ít người dùng liều từ thấp đến cao, như vậy không những bệnh sẽ không khỏi mà nguy hiểm hơn là sẽ gây hiện tượng nhờn thuốc. Điều quan trọng hơn nữa là khi dùng kháng sinh cần phải dùng đúng chủng loại kháng sinh cho từng loại bệnh, nghĩa là sử dụng những loại kháng sinh đặc hiệu như vậy hiệu quả điều trị sẽ cao, tránh hiện tượng nhờn thuốc hoặc không khỏi bệnh. Bên cạnh đó cần sử dụng kháng sinh theo đúng liều trình, thực tế nhiều người sử dụng kháng sinh thường không tuân thủ điều này, thường khi thấy con vật hết các triệu chứng bệnh điển hình là dừng ngay không dùng kháng sinh nữa mặc dù theo liều trình điều trị là chưa đủ, như vậy sẽ làm con vật nhờn thuốc và đặc biệt là mầm bệnh không bị tiêu diệt hết sẽ rất dễ tái phát lại bệnh. Khi dùng kháng sinh một ảnh hưởng khác đến con vật là thường làm cho con vật bị bệnh mệt mỏi, thậm trí có trường hợp ảnh hưởng đến thần kinh khi dùng quá liều hoặc dùng không đúng thuốc, không tiêm đúng vị trí nên khi dùng cần xem ký hướng dẫn sử dụng của các nhà sản xuất, không được dùng thuốc không rõ nguồn gốc (mất nhãn) các loại thuốc đã quá hạn sử dụng.

* Dùng các loại thuốc điều trị triệu chứng, trợ sức, trợ lực

Đây là khâu bổ sung các loại thuốc điều trị triệu chứng, thuốc bổ nhằm làm tăng sức đề kháng cho con vật, loại trừ mầm bệnh, chống stress, rút ngắn thời gian điều trị, con vật nhanh hồi phục, không bị còi cọc, giảm thiệt hại kinh tế. Trên thực tế nhiều trường hợp khi phát hiện con vật ốm chỉ cần dùng các loại thuốc này con vật đã khỏi hoặc giảm bệnh vì các loại thuốc này thường làm tăng sức đề kháng cho con vật chống lại mầm bệnh. Bước này cần chú ý là phối hợp đúng các loại thuốc kháng sinh và thuốc bổ trợ mới có hiệu quả. Trên thị trường hiện nay có rất nhiều các loại thuốc khác nhau, chính vì vậy nếu không đọc kỹ hướng dẫn của nhà sản xuất trước khi dùng sẽ dễ bị nhầm lẫn và trở thành lợi bất cập hại.Các thuốc cần dùng như bổ sung nhóm Vitamin thì dùng một số loại vitaminB1, vitamin C, Bcomlex, Caphêin ... Bổ sung nhóm điện giải thì điện giải đường glucô. Bên cạnh đó khi dùng thuốc điều trị triệu chứng thì dùng thuốc hạ sốt, chống khó thở, thuốc giảm tiết dịch kết hợp việc chăm sóc hộ lý tốt con vật sẽ nhanh lành bệnh và điều quan trọng hơn nữa là hạn chế bệnh lây lan và phát sinh thành dịch.